조세특례 도입 전 효과와 문제점 등을 미리 들여다보는 '조세특례 예비타당성평가' 제도가 지난 2015년부터 시행 중인 가운데, 지난해까지 총 52건의 조세특례 중 불과 15건만 예타를 거친 것으로 나타났다.

정부가 '경제·사회적 상황'에 대응하기 위한 경우 예타를 면제할 수 있도록 예외를 둔 탓인데, 예타 면제 조세특례의 지출 규모가 예타를 실시한 경우의 10배에 달해 제도의 실효성에 대한 의문이 제기된다.

11일 기획재정부와 국회입법조사처에 따르면, 정부는 제도를 도입한 2015년부터 지난해까지 조세특례 52건 중 37건에 대한 예타를 면제한 것으로 나타났다. 예타를 거친 경우는 15건에 불과했다.

예타가 진행된 15건의 지출 규모는 1조1128억원이었다. 반면 면제된 37건은 10조9880억원에 달해 10배 가까이 많았다.

조세특례 예타는 새로 도입하는 조세특례의 조세지출 규모가 연간 300억원 이상일 경우 한국조세재정연구원과 한국개발연구원 등 외부 전문기관을 통해 기대효과와 예상되는 문제점 등을 사전에 점검하는 제도다.

다만 조세특례제한법은 '경제·사회적 상황에 대응하기 위해 도입하려는 경우로서 국무회의의 심의를 거친 사항' 등 4가지 경우에 대해 예타를 면제할 수 있도록 예외 조항을 두고 있다. 정부가 위급한 상황에 대해 발빠르게 대응할 수 있도록 길을 열어둔 셈이다.

하지만 제도 시행 이후 매년 면제 규모가 실시 규모보다 많아 제도의 실효성에 의문 부호가 붙는다. 윤석열 정부가 출범한 지난해 예타를 거친 조세특례는 1건(1106억원)인 반면, 면제는 7건(1조8317억원)이었다.

지난해 예타 면제 내용을 살펴보면, 반도체 설비투자 세액공제율을 25%로 높이는 조세특례제한법 개정안을 비롯해 △통합고용세액공제 신설 △근로장려금 재산요건 완화 및 최대 지급액 인상 △자녀장려금 재산요건 완화 및 최대 지급액 인상 △연금계좌 세제혜택 확대 △다자녀가구 승용차 구입 시 개별소비세 감면 △비거주자·외국법인 국채 등 이자·양도소득 비과세 등이었다.

7건 모두 면제 사유는 '경제·사회적 상황에 대응을 위해 필요한 경우로서 국무회의 심의를 거친 사항'에 해당했다.

국회입법조사처는 국정감사 이슈 분석 보고서에서 "이같은 방식으로 면제사유를 규정하면 사실상 행정부의 재량에 의해 예타 면제 대상이 결정될 가능성이 크다"고 지적했다.

그러면서 △500억원 또는 1000억원 등 일정한 규모 이상의 조세특례에 대해 면제 없이 의무적으로 예타를 받도록 하는 방안 △기획재정부 훈령에서 정하는 구체적 예외 사유를 법률로 상향하는 방안 △국회가 의결을 통해 조세특례 예타를 요구하는 방안 등을 검토할 필요가 있다고 제시했다.

기재부는 예타 기간이 7~8개월은 소요되는 만큼, 빠른 정책 대응을 위한 조세특례 사항에 대해 일일이 예타를 적용하기 어렵다는 입장이다.

기재부 관계자는 "예타를 적용하려면 전년부터 무엇을 할지 결정하고 연구 용역을 진행해야 하는데, 세법 개정의 경우 1년 전부터 무엇을 할지 정하기 어렵다"고 밝혔다.

이어 "가급적 면제 사유를 활용하지 않으면 좋겠지만 갑작스런 정책 변화 때문에 추진해야 할 것이 있다면 불가피하게 해야 하는 측면이 있다"며 "작년의 경우 새 정부가 출범해 새로 추진할 과제가 많았다"고 덧붙였다.

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